SRA Toolkit安装及使用教程

2024-05-09 12:06| 来源: 网络整理| 查看: 265

您是否对基因组学研究充满了好奇和渴望？想要深入了解生物的遗传信息，揭示其中隐藏的奥秘？那么，SRA Toolkit将成为您最强大的助手。作为一款功能强大且易于使用的工具集，SRA Toolkit将为您提供快速、高效地获取和分析原始测序数据的解决方案。

Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合，一般常用于：

下载SRA文件，从SRA文件中提取fastq文件。

SRA Toolkit的安装

1、conda 安装（推荐使用）

conda install sra-tools -y

2、传统安装

2.1 在Linux系统（以CentOS为例）下将上述的链接下载到本地

wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz

2.2 解压安装包

tar -vxzf sratoolkit.tar.gz

2.3 将sratoolkit路径添加到环境变量

export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin

2.4 验证 shell 是否能找到二进制文件

which fastq-dump

2.5 测试工具包是否正常运行（若输出以下内容则表明安装成功）

fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728

SRA Toolkit的使用

官方文档：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

下载SRA

下载单个文件：

prefetch SRR390728

下载多个文件：

# 创建一个accession文件，用于保存序列号

prefetch --option-file srr.txt

2. 抽取fastq文件（在下载到的sra文件所在目录下）

2.1 fastq-dump使用

# 查看帮助文档

fastq-dump -h

# 抽提fq文件，并将其压缩

fastq-dump --gzip -O $PWD --split-3 *.sra

# --gzip ：输出gz格式压缩文件，节省空间，稍微多费点时间

# -O ${directory} ：设置输出的文件间路径，outdirectory改为相应路径

# --split-3 ：不知道sra是单端还是双端，默认使用--split-3

2.2 fasterq-dump使用

# 多线程抽提fq文件

fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra

#-p 可以显示进程

#-e 24 使用24个线程

# fasterq-dump不能使用压缩命令。

参考文献：

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki

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